Как работать с файлами mov с альфой в Pinnacle15?

Работать можно, но через )/(опу.

Также как и в других редакторах с поддержкой альфы

Нормально -никак. Через одно место, как написано Выше, но это полная чепуха. Я, кстати, когда-то это сам додумался, а потом оказалось что и другие так ставят. А было это еще в 9 Студии. Короче этот способ забудьте-он тупой и неудобный да и скорость там надо менять иначе будет идти рывками. Самый нормальный способ-это переконвертировать с помощью Квиктайма в АВИ некомпресс. Ставите прямо на дорожку и альфа есть. Только файлы будут огромного размера и надо делать фоновый просчет, иначе будет тормозить при просмотре на таймлайне.

Вот Вам ещё один повод поменять монтажку...