Какого числа будет линейка к 1 сентября 1 или 3?

Первого, конечно. А что, радуйтесь) Линейка пройдёт и можно сразу идти бухать с субботы по воскресение)

в Москве в большинстве школ первого.

Первого.. . Хотя в некоторых местах может и третьего, в чём я очень сомневаюсь.