Ну если доходы минус расходы (6%) то 6 % от доходов, то есть от 500 руб. (1000 руб. - 500 руб. )
При этом, на 500 руб. нужны оправдательные документы иначе от 1 000 руб. одного того что они берутся из кармана своего не достаточно для документального подтверждения расходов
Но скорее всего вы путаете определения, и доходами называете выручку, сужу по процентам там несколько больше, а вот 6 % это как раз с выручки. А так же форму расчета с покупателями агентским договором, на самом деле наверное некто просто продает цветы людям, после того как они оплатили заказ. Если тут есть третье лицо, типа поставщик товаров, покупатель товаров и агент который ищет покупателей для продавца и за это получает вознаграждение, то это совсем другая песня
И непонятно для кого сумму налога нужно считать в данной ситуации
Если усн выручка (6%) то 6 % от 1000 руб. и всё 