Во-первых, Булгаков тоже имел любовницу, на которой потом женился (также, как и Мастер с Маргаритой) . Во-вторых, Булгаков тоже был отвергнут издателями (и даже сжег первый рукописный вариант романа, который он назвал "Роман о Сатане"). Но лично я не верю в то, что "МиМ" - автобиографический роман, несмотря на достаточное количество доказательств.
То, что Михаил Булгаков так же, как и Мастер в романе, испытал на себе всю "прелесть" современной ему системы: личную несвободу, несправедливые нападки, отказы печатать произведения, цензуру, давление на личность, угодливую к власти и беспощадную к неординарным талантам "литературную" критику, обывательскую ограниченность и непонимание окружающих.. . Но, как и Мастер, он не сломался и не отказался от своего творчества. Автобиографичность романа и в том, что некоторые его персонажи списаны с реальных окололитературных деятелей, слишком хорошо известных писателю. И любовная линия в романе автобиографична: Маргарита и отношения с ней Мастера - из области личной жизни писателя (прообраз Маргариты - жена Булгакова, Елена Сергеевна) .
Я думаю, что ЛЮБОЕ литературное произведение (тем более, масштаба "Мастера и Маргариты") - безусловно, ВСЕГДА автобиографично. Автор - его взгляды, убеждения, жизненные впечатления, опыт, интересы (а не только конкретные события его жизни! ) - он же всегда пронизывает собственное произведение, пропитывает его собой.