можно ли сделать генеральную доверенность на гражданина Украины на авто с литовскими номерами на територии России

Вполне

Гражданский кодекс Российской Федерации
Статья 1217. Право, подлежащее применению к обязательствам, возникающим из односторонних сделок
К обязательствам, возникающим из односторонних сделок, если иное не вытекает из закона, условий или существа сделки либо совокупности обстоятельств дела, применяется право страны, где находится место жительства или основное место деятельности стороны, принимающей на себя обязательства по односторонней сделке.
Срок действия доверенности и основания ее прекращения определяются по праву страны, где была выдана доверенность.