скажите, пожалуйста, в Болонской системе образования 5 по дифференцированному зачету перекрывает 3 по экзамену?

вообще-то дисциплина не может закончиться диф. зачётом, если был промежуточный экзамен. Важна итоговая оценка за модуль, а не промежуточная.