могут ли на берегу реки ближе 50 м начать строительство магазина

Теоретически 50 м. - может быть водоохранной зоной, хозяйственная деятельность в этой зоне ограничивается. Тут надо по месту смотреть, что за река, какая у нее водоохранная зона, какие в этом магазине канализация, отвод ливневых вод и т. д. Если Вы насчет защиты природы волнуетесь, то лучше начать с экологических организаций Вашего города.