В количестве дверей.
У седана 4 двери, у купе 2.
Изначально, Купе-спортивное двухдверное авто с низким и стремительным силуэтом. Само по себе количество дверей-не показатель: с 50-х годов у американских производителей было понятие"2-х дверный седан".
А в наше время границы в классификации кузовов ещё больше "размылись":сначала появились купе с 3-ей дверью (например Ауди ТТ), а потом и купе с 4-мя дверьми, как позиционируют их сами производители. (Мазда RX8,БМВ М6 Гранд Купе, Фольксваген Пассат СС).
заднее сиденье в купе очень маленькое, или его нет вообще - машина 2-местная. Ну, и, конечно 2 двери.
Седан почти всегда 4-дверный, но даже в 2-дверном варианте сзади полноразмерное сиденье (напрмер, тойота эхо, или опель аскона, или тот же запорожец - это 2-дверные седаны).