Приобрел нежил. пом как физ. лицо, но являюсь ип, при продаже будет ли облагаться налогом если в собствен более 3л

Нет налога. И даже декларацию подавать не надо.

На нежилые помещения ( дачи, гаражи и т. д. ) это не распространяется!

доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.
Положения настоящего пункта не распространяются на доходы от продажи имущества, непосредственно используемого индивидуальными предпринимателями в предпринимательской деятельности;
Сами смотрите, что за нежилое помещение и как используется