Почему понтия пилата мучают угрызения совести?

Потому что не сохранил жизнь Ешуа, не использовал полномочия власти, зная что народ не в полной мере осознавал правильность своих решений. Пилат знал, что может поплатиться жизнью за это решение, но мог и быть прощен народом, который не весь несведущ в правильности принятия решений. В этом доля его вины.
Приняв решение убить пусть даже убийцу, стал бы сам убийцей + пошел против "воли народа". Опять-таки власть могла поколебаться и его жизнь превратилась бы в вечный ад ожидания своей смерти. Эти причины перевесили, и он принял "разумное" решение и сохранил себе жизнь и относительный покой.