Стоит ли вступать в реестр малого и среднего бизнеса? И вообще насколько муторная эта затея?

Смотря какая цель. Например, если хотите получить льготное кредитование, то конечно стоит. А если просто избавиться от разницы между БУ и НУ, то думаю оно того не стоит.