Приложение. Как делают приложения на майл ру?

Если вы о самом сайте, то он, скорее всего, написан на серверных языках: php, perl(Может использоваться также Python). Для динамичности используют JavaScript. Язык разметки -- HTML. Для красоты используют каскадные таблицы CSS.

Если вы о, например, Мэйл Агент, то это клиент-серверная программа, и такие программы пушут на C++, Delphi, Java...