Правомерно ли увольнение работника по собственному желанию позднее чем через две недели с момента получения заявления

если работник согласен, то правомерно. если он возражает, то надо было заявление отозвать, а так скорее всего правомерно тоже, поскольку имеет все-таки заявление по собственному.
а эти две недели не являются отработкой! ! это называет "предупреждение работодателя о расторжении трудового договора не позднее, чем за две недели" то есть две недели прошло и можно приказ издавать, плюс-минус день роли не играет