почему Марина Сырова закрыла дело о рубке икон Авдеем Тер-Аганьяном в 1998 году, но отправила за решетку Pussy Riot?

Об этом надо поинтересоваться у самой судьи.
Нам то откуда знать?

Исполняла политический заказ.

В действиях Авдея Тер-Аганьяна она не усмотрела состава преступления. А отправила за решетку Pussy Riot справедливо: что безумные девки хотели получить- то и получили. Только срок им надо было дать по максимуму- 7лет!

Лукин, Pussy Riot
Читать полностью: http://www.rbcdaily.ru/2012/08/23/focus/562949984575564
Уполномоченный по правам человека в России Владимир Лукин заявил, что, если Мосгорсуд как вторая инстанция повторит решение Хамовнического суда по делу Pussy Riot, он может обратиться в Конституционный суд.
«Я активно не одобряю поступок Pussy Riot. Это глупость и бестактность, неуместно. Нарушает право граждан на особое отношение к местам веры. Но их акция – это проступок, который в международной практике разрешается в административном порядке, а не в уголовном» , – пояснил омбудсмен журналистам, добавив, что решение Хамовнического суда – это первая инстанция, а приговор не вступил в законную силу, поэтому девушки пока в статусе подозреваемых.
«Я рассчитываю, что вторая инстанция более внимательно рассмотрит дело. Если нет, я не исключаю возможности оспорить этот приговор в дальнейших инстанциях» , – сказал г-н Лукин.

Всё просто: Первый не устраивал публичную акцию, т. к. его отношения с религией - его личное дело. Тер-Аграньяну не хватало дров в хозяйстве, а PR - мозгов.