Вычистить все что поражено грибком и контактировало с ним (спецы советуют даже грунт снимать до 50 см. ) и сжечь подальше от строений. Проверить не поражены ли лаги ( потом в лом будет через полгода-год менять) . Пролить все для зачистки спор грибка сенежем или другой антигрибковой смесью. Затем поставить новые доски, заранее обработанные тем же составом. Обеспечить нормальную вентиляцию под полом почти 100%, что ее нет или она не работает- в сухом грибок не разводится. Можно обработать известью.
Глинобит не советую - если был грибок, значит влажно, ну и что это будет за пол? ТОгда уж цементную стяжку и кафель.