Срочно срезайте все зараженные растения и уничтожайте (лучше сжигайте) , а грядку надо обработать медьсодержащим препаратом. Я бы профилактически обрызгала бы и весь лук-чеснок + ещё и розы. в прошлом году ржавчина началась с чеснока, потом перекинулась на лук и т. п. , а до осени очаги ржавчины наблюдала по всему участку. Споры ржавчины разносятся ветром. В этом году я "борюсь" профилактикой. Весной брызгала все ранее зараженные участки медным купоросом. Чеснок перед посадкой на пару минут замачивала в этом же растворе (меры профилактики читала в интернете).
Везде предлагают лишь один способ- обработка хлорокисью меди: "Меры борьбы: соблюдение севооборота, а также прогревание посадочного материала перед закладкой на хранение. Лук-севок перед посадкой прогревают в течение 8-12 часов при температуре 40°С. Для предупреждения распространения заболевания в период массового роста лука его необходимо опрыснуть раствором хлорокиси меди (на 10 л воды берут столовую ложку хлорокиси меди и столовую ложку жидкого мыла) . Это опрыскивание проводят еще раз через неделю. "
В вашем случае я бы обрезала и уничтожила зелень, пересадила лук на новое место и применила фунгициды, список и способы воздействия по ссылке: http://www.floralworld.ru/fungicid.html
Спора ржавчины передаются от одного раст. другому. Ель, малина, яблоня, груша, шток роза... Нужно прервать этот цикл. Убрать раст. больные. Сжечь. Про лук не слышала.