Естественно ты ее не получишь:
**************************************************************************
2. Право на отсрочку от призыва на военную службу имеют граждане:
а) обучающиеся по очной форме обучения в:
....
имеющих государственную аккредитацию по соответствующим направлениям подготовки (специальностям) образовательных учреждениях высшего профессионального образования по:
....
программам магистратуры, если они не имеют диплом специалиста или диплом магистра и поступили в указанные образовательные учреждения в год получения квалификации (степени) "бакалавр", - на время обучения, но не свыше нормативных сроков освоения основных образовательных программ.
http://www.consultant.ru/popular/military/32_4.html
© КонсультантПлюс, 1992-2013
**************************************************************************
Нет, не получите.
Получите, это единое высшее образование.