Наличие только сигма связей обуславливает низкую активность.
Алканы имеют низкую химическую активность потому что единичные связи C—H и C—C относительно прочны, и их сложно разрушить. Cвязи C—C представляют собой σ-связи, отличающиеся низкой полярностью и поляризуемостью.
"Низкая" активность - понятие относительное. Метан с хлором реагирует, например, со взрывом, гексан - намного медленнее.
Но дело ещё в том, что якобы одинаковые сигма-сязи вовсе не одинаковы по прочности: связи С-С прочнее, чем С-Н, и в крупных, разветвлённых молекулах даже С-С связи между собой различаются, так же, как и С-Н связи. Не случайно ведь замещение атомов водорода на галогены в алканах в первую очередь происходит у вторичных атомов углерода. Разрыв С-С связей также легче происходит у четвертичных и третичных атомов.