Можете подсказать, как создать си-программу для удаления комментарий в другой си-программе?

Комментарии бывают многострочные /* ...*/, либо однострочные //
Просто ищите в исходном тексте программы соответствующие шаблоны и удаляйте.
Нужно учесть что в строковых литералах могут быть те же шаблоны: "это строка // /*...*/". Нужно учесть это в программе и не обрабатывать строковые литералы.

Препроцессор Си удаляет из исходника все комментарии. Можно взять исходник какого-нибудь маленького сишного компилятора (например TCC, http://bellard.org/tcc/) и посмотреть, как сделано там.