Особенно порадовала фраза
"второй - в созданной мной БД на хосте" база данных с файлом index.html никак не связана. Скажу больше, БД вообще никак не связана с каким-либо .html файлами. Даже если вы все сотрете на хосте, БД останется.
По-моему, просто полное непонимание, что аткое БД и как она создается.
Теперь:
1. А откуда взялся на хосте вообще какой то файл? Если заливаешь движок, предполагается что на хосте ничего нет. Иначе такая путаница возникнет.. . ППЦ.
2. Кто надоумил использовать JOOMLA? Ну не можете свой движок написать, ладно, но этот же - самый тормозной и самый "частовзламываемый"..
3. Для заливки на FTP лучше используйте Total Commander (это из серии просто небольших советов)
А в конкретно вашем случае, смело заменяйте тот файл, что с 0 объемом.