как можно оформить опекунство отцу над ребенком, если мать ушла от отца и забрала ребенка

Опеку над ребенком могут оформить только чужие люди или другие родственники, но не отец и не мать.
Место жительства ребенка с отцом или график встреч ребенка с отцом можно определить в судебном порядке.

Никак.

Опеку оформляют только над сиротами, а если у ребенка есть отец и мать, ни о каком опекунстве не может быть речи, родители ребенка не могут быть опекунами по определению

отец имеет равные права с матерью
даже если ребенок живет с матерью
не надо ничего оформлять

Если вы записаны в свидетельстве о рождении ребенка в графе отец, то о каком опекунстве идет речь, вы и так являетесь законным представителем своего ребенка.

Статья 61. Равенство прав и обязанностей родителей
1. Родители имеют равные права и несут равные обязанности в отношении своих детей (родительские права).