Считается ли тот или иной оборот метафорой, если взят в кавычки?

Не все, что берется в кавычки, является метафорой, и далеко не все метафоры берутся в кавычки. Например, мы не берем в кавычки метафорически оборты в таких выражения, как "бежать, сломя голову" или "прилететь на крыльях любви", "ветер подкрался и зашептал в листве..." и т.д. Заметьте, кавычки в данном случае употреблены не из-за метафор