Счета-фактуры подшиваются в отдельную папку по датам, накладные - тоже в отдельную папку по датам - это общее требование, так с меня требовали аудиторы, иногда этого достаточно. Часто слышала, что сч-ф надо подшивать к книге продаж, но так в основном считают те, у кого очень маленький объем документов, при больших объемах это неудобно. Кроме того, вы можете разработать свое Положение о документообороте и хранении док-тов на вашей фирме и расписать свой порядок хранения, не противоречащий законодательству, но это уж если у вас какие-то особые условия работы с док-ми.