Организация на УСНО. Должна выписывать счета- фактуры или нет?

Такой обязанности у организациции, применяющей УСН нет.
Обоснование: Применение организацией УСН означает, что такая организация не является плательщиком НДС (п. 2 ст. 346.11 НК) . Сумма НДС предъявляется к оплате покупателю только плательщиками НДС (п. 1 ст. 168 НК) . Обязанность по составлению счетов-фактур, ведению журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книги покупок и книги продаж возложена на налогоплательщиков по НДС (ст. 169 НК) . Т. к. организация на УСН не является плательщиком НДС, то она не обязана осуществлять действия, указанные выше, и, соответственно, не обязана составлять счета-фактуры.

Если клиент просит - можете и выписать, с "0".

в принципе можете и не выписывать, но если просят - почему бы и нет. естественно указываете что без НДС