Здраствуйте у студента есть одна 3 по физре, но у них физра шла 2 курса какая оценка пойдет в диплом? последняя?

Обычно в диплом попадает усредненная оценка. Если "3" единственная, а все остальные "4", то, скорей всего, именно "4"