чем грозит учредителю (частное лицо) беспроцентный долгосрочный займ (на 4 года) ,у налоговой будут к нему вопросы?

Если частное лицо берет займ от организации у физлица возникает налоговая выгода в виде разницы между процентами по договору и процентом, установленным ЦБ РФ в соответствии с нормами НК РФ.