как правильно заключить договор подряда между физ. лицом и юр. лицом и какие будут налоговые вычеты? налогообложение.

заключаете стандартный Договор с описанием предмета договора, сроков выполнения работ и стоимости.
Из суммы оплаты удерживаете НДФЛ и перечисляете в бюджет.
И уплачиваете все налоги как с фонда ЗП!

...кроме в фонд социального страхования.