У кого должны храниться ПТС на предприятии?

Это уже к внутреннему порядку, на предприятии . Вообще-то им нечего делать, в какой-то там бухгалтерии, бухгалтерияя сама по себе иждивенческая структура, а в случае непосредственного вмешательства в производственный процесс станет ещё и паразитической . Это усложняет делопроизводство и доступность документации, непосредственно производственной структуре - транспортному отделу .