Как подать в суд за неуплату одному юр лицу на другого, с учетом того, что они в разных концах страны зарегистрированы?

Как обычно. Подготовить исковой материал в соответствии с нормами АПК РФ и направить в суд по месту нахождения ответчика, если между сторонами письменно не согласована, договорная подсудность, например по месту нахождения истца. Можно почтой, ехать необязательно. Можно заявить ходатайство о рассмотрении дела без участия истца, тогда и в суд являться будет необязательно, но это уместно в случае относительно небольшой суммы иска, когда выигрыш не слишком принципиален. В противном случае участие в процессе крайне желательно. В некоторых судах есть возможность провести суд. заседание с участием сторон посредством сети интернет.