В свойствах папки установить точечку "отображение скрытых файлов/папок" и снять галочку "скрывать защищенные системные файлы".
Посмотреть, что на флешке появилось (скорее всего autoexec.bat и экзешник какой нибудь) . Потереть эти файлы, записать для профилактики папку с именем "autoexec.bat", установить атрибуты "только чтение" - это предохранит флешку от повторного заражения. С компьютера вычищать - лучше антивирусом типа cureit.exe. Можно и самому: проверить все ключи автостарта на предмет лишнего, проверить папочки autostart на всех профилях, проверить msconfig на предмет автостарта.
По всем найденным путям безжалостно уничтожаем экзешники с вирусом. (естественно, не все, а только зараженные) , затем полным поиском по компьютеру можно еще несколько копий найти - их тоже долой. Если сразу не трутся - найти образ программы в taskmanager и попробовать убить. Не получилось - убить после перезагрузки, можно под другим пользователем.
Короче проще - антивирусом.