Прочитайте ст. 12 ч. 1 Закона "О гражданстве РФ" от 31.05.2001 г. :
http://www.consultant.ru/popular/civic/34_2.html#p107
Ваши дети - 2004 и 2009 г. , закон этот уже действовал. И если сведения о гражданстве родителей в свидетельствах о рождении детей подходят под то, что написано в данной статье - никакие дополнительные штампы о гражданстве на свидетельствах не нужны. Потому что дети и так приобрели гр-во России по рождению.
А вот если, например, место рождения ребенка - Казахстан, отец - гражданин РФ, а мать - гражданка Казахстана - тогда штамп о гражданстве РФ необходим (он подтвердит, что у ребенка - действительно гр-во РФ, а не Казахстана) .
В общем, тут суть в том, что детей - граждан РФ - регистрируют по месту жительства как граждан РФ - там один закон.
А детей - иностранных граждан - ставят на миграционный учет именно как иностранных граждан, там законодательство совсем другое.