Будет ли платить налог от продажи квартиры (в собственности 5 лет) ,иностранец, налоговый резидент России

Нет, не будет.
Поскольку этот иностранец является налоговым резидентом РФ, на него распространяются все положения статьи 217 Налогового кодекса, в частности - об освобождении от налогообложения доходов от реализации квартиры, находящейся в собственности три года и более.