Расследование уголовного дела по краже статья 158 ч. 2 (3 эпизода) длилось 13 месяцев - это нормально?

Нормально. Если лицо не установлено, то дело приостанавливается и возобновляется вновь, когда есть лицо, которое должно привлечь к уголовной ответственности. Причин для приостановления несколько. Кроме того, он могло и продлеваться, экспертизы, например.