Это российский коммерческий навык или игнорирование начальника?

Один сотрудник постпил на
работу в август 2013г. В следующем месяце он отсуствовал 3 дня как
нетрудоспособным и 2 дня отпуск за свой счет. В следующим 2 дня и 2 дня. А
дальше в ноябре 3 дня как нетрудоспособным.

Ген директор с
сотрудником договорились и указал бухгалтерию рассчитать его зарплату по
фактам. Время нетруд-ного состояния и отпуск за свой счет, значит зарплата
уменьшает.

Но, ему оплатили
полностью, и на документе "начисление отпуска этого сотрудника от декабря
2013" написанно полный отработанный дни и полная сумма заработка.

Какие причины может быть
за такую обработку у бухгалтерии? Почему так написанно на документе?
Бухгалтерия проигнорировала указания босса или здесь есть что-то российская
коммерческая практика?