Пропали программы из меню "удаление программ" на W7. Причина такого в вирусе? .. и как их туда же вернуть?

Можно попробовать сделать восстановление системы (до времени появления сбоя) .
Проверить систему Dr.Web CureIt! http://www.freedrweb.com/cureit - лечащая утилита (оф. сайт) - без обновления баз, каждый раз скачивать заново.
Установить хороший антивирус и файервол (Касперский, Нортон, Комодо, можно и AVG, Аваст, см. тестирование: http://www.comss.ru/page.php?id=1828 ). Независимо от выбора антивируса периодически сканировать поочерёдно сканерами:

mbam 1.75 (Malwarebytes Anti-Malware - с обновлением баз http://www.malwarebytes.org/products/malwarebytes_free/ (оф. сайт) - устанавливается, базы обновляются или http://www.comss.ru/page.php?id=84 - сайт comss.ru - проверенный и надёжный источник ;

cce 2.5 (Comodo Cleaning Essentials - с обновлением баз, может запускаться из любого места или с носителя - http://www.comss.ru/page.php?id=693, или http://comodorus.ru/uploads/files/CCE.exe) ;

HitmanPro - сканирует онлайн, "в облаке" - http://www.comss.ru/page.php?id=612 - HitmanPro 3.7.9.212 Final (скан и устранение угроз, без активации только сканирует и выводит список обнаруженного) ;

http://www.freedrweb.com/cureit - Лечащая утилита Dr.Web CureIt! (оф. сайт) - без обновления баз, каждый раз скачивать заново.
-------------
Удалять программы лучше сторонними деинсталляторами, например: Revo Uninstaller Pro (Revo Uninstaller), выбирая расширенный или глубокий режим - для удаления всех следов.