That water had a really big difference from THE (или без THE?) mineral water in bottles.

Эта вода действительно сильно отличается от минеральной воды в бутылках.

Если речь идёт о минеральной воде в бутылках вообще ( о любой минералке в бутылках) , то артикль не нужен.
Если подразумевается какая-то конкретная ( вон та, в бутылках) вода, то нужен артикль the. Всё зависит от ситуации.

Речь о конкретных бутылках с водой? Скорее всего, нет. Я бы тут артикль не ставила.