Вообще-то, Пассажир при посадке в поезд дальнего следования вместе с билетом обязан предъявить именно ТОТ документ, удостоверяющий личность, на основании которого билет был приобретен.
А при несоответствии номера документа, удостоверяющего личность, номеру, казанному в предъявляемом билете, пассажир к посадке в поезд дальнего следования НЕ ДОПУСКАЕТСЯ.
Именно ТАК установлено п. 29 "Правил оказания услуг по перевозкам на ж/д транспорте пассажиров… ", утв. Постановлением Правительства РФ от 02.03.2005 N 111, а также п. 31 и 51 "Правил перевозок пассажиров, … на федеральном ж/д транспорте", утв. Приказом МПС России от 26.07.2002 N 30.
Так что в Вашем случае, независимо от наличия/отсутствия у ребенка паспорта к ПОСАДКЕ поезд он будет допущен только по предъявлении Свидетельство о рождении, по которому билет на него и приобретался…
Удачной поездки!