Если я временно не годен к военской службе моги ли я пройти альтеративную службу???

Нет, если ты негоден, хоть и временно, то ни на какую службу ты попасть не сможешь. У тебя отсрочка от призыва по здоровью, а поэтому от твоего желания пока ничего не зависит.