То есть, фраза "приготовьте комплекс X и Y" означает лишь то, что вещества нужно просто смешать?

Ничего подобного.
В общем смысле, химический комплекс - это любой наблюдаемый ассоциат веществ определенного состава.
Комплексы бывают координационные, донорно-акцепторные, пи-комплексы, комплексы с переносом заряда, эксиплексы, клатратные комплексы. .
И это ещё не всё.
У каждого типа комплексов свой набор методов синтеза, но не факт, что они сработают на любом комплексе.
Синтез комплексов до сих пор является очень сложной проблемой для химиков...