Квартира муниципальная или в собственности? Института "прописки" нынче более не существует. Есть момент "регистрации по месту жительства".Если отец достаточно умный, и квартира муниципальная, то всего лишь заявление в паспортный стол + справка с места прописки матери (что у неё есть жильё) и он снимет тебя с регистрационного учета, как НЕ проживающего на указанной жилплощади.
Если квартира у тебя с отцом в совместной собственности, то НИЧЕГО он сделать не сможет без твоего согласия. (даже, если снимет с учета (выпишет) - ты останешься собственником половины квартиры) .
Советую матери подавать на развод с разделом имущества. По закону, половина собственности мужа, принадлежит жене. В любом варианте, хотя бы половина квартиры достанется вам с матерью. А если ты собственик, то и 2/3 квартиры.