В формате этого сайта ответить на Ваш вопрос крайне трудно - поскольку это очень обширно. Для каждого налога существуют свои методики действий, а, кроме того, есть и чисто формальный порядок работы (что, в какой последовательности и какими документами нужно оформлять) .
Что касается начала работы, то сам инспектор не определяет, какую организацию он будет проверять. Проверки производятся на основании плана выездных проверок, который формируется по заявкам совсем другого отдела - планово-аналитического (или такой группы в рамках отдела камеральных проверок) . Отбор организаций для плана ведется по специальной методике (есть перечень критериев отбора - он опять-таки весьма обширный, чтобы его можно было тут изложить) - на проверку инспектор идет не на обум, а практически с уже готовыми вопросами и примерной картинкой того, что он может там найти.
Поэтому, определитесь с конкретными вопросами и пишите в личку - отвечу, на что смогу.