Просрочила Разрешение на временное проживание, Суд постановил штраф в размере 5000 рублей.

У вас никто ничего не "обнулировал".Закончился срок действия РВП. По его окончании в течение 15 дней вы должны были выехать.
Теперь-после оплаты штрафа- выезжайте, после чего- въезжайте вновь при наличии миграционной карты и оформляйте РВП на общих основаниях- либо по квоте, либо вне квоты