Принципиально - ни в чем. А вообще - в мощности разряда.
в силе тока
Энергия и больше ничего
В чистой теории, амплитуда, частота следования и интервалы импульсов парализующего электрошокера подбираются таким образом, чтобы истощить запас АТФ в мышцах за цикл активного воздействия на объект. Таким образом, мышца становится неработоспособной на некоторое время, вуаля - объект парализован.
Болевой же просто дает мощный разряд высокой частоты, который имеет поверхностное распространение (есть всякие законы физики, по которым токи высокой частоты вытесняются на поверхность проводника, а проводник в нашем случае - тело объекта) . Таким образом, суть воздействия болевого электрошокера - банальный ожог, ну, плюс специфические эффекты поражения электротоком.
На практике, я крупно сомневаюсь, что производители заморачиваются такими тонкостями для гражданских электрошокеров - практически все они представляют собой простейший автогенератор на двух транзисторах и ВВ-трансформатор с различным выходным напряжением. Просто и достаточно надежно.