Если поставить 2 стакана в микроволновку на 3 минуты и 1 на полторы, где будет температура больше.

Два стакана будут поглощать микроволны более эффективно, и поэтому нагреются сильнее.

Понятно, что выделенная для нагрева энергия в обоих случаях одна и та же.
В принципе, вода нагревается по всему объёму, поэтому поглощение энергии будет одинаковым.
Небольшая разница в температурах должна заключаться в том, что даже в процессе нагрева от СВЧ происходит остывание от окружающей среды, пропорциональное площади контакта и разнице температур между стаканом и окружающим воздухом. Потребление мощности у нас одинаковое, а площадь рассеивания у двух стаканов больше чем у одного. Кстати, и само стекло стаканов нагретая вода должна будет нагреть. Мощность нагрева выделена одна, а стекла придётся от воды нагреть тоже вдвое больше

Также, стоит оговорить, что в процессе эксперимента мы не довели воду до кипения.

Зависит от начальных условый. Проще говоря, если клистрон ближе к первому стакану, то там вода будет жарче. Всю арифметику расписывать долго, но, думаю, что смысл, вы поняли.

Меньшинин похоже не очень понимает принцип работы СВЧ печи, иначе бы не говорил "выделенная для нагрева энергия в обоих случаях одна и та же".

Стакан с водой - резонатор, имеющий эффективное сечение резонанса, сильно меньшее единицы. У двух стаканов это сечение хоть и не в 2 раза, но существенно больше. Поэтому эффективность поглощения СВЧ излучения у 2 стаканов будет больше, чем у одного. И нагреются 2 стакана сильнее.. .

Ну, конечно, как сказал Котоусов, многон зависит от конфигурации волновода и рабочего объема - у меня, например, печка Самсунг, с 4-мя волноводами, у неё плотность излучения довольно равномерная по объему. А в дешевой микроволновке за 3-5 тысяч волновод один...