Да ничего страшного - потерпит!
Я держал морских свинок 12 лет, от первой парочки народилось несколько поколений потомков общим числом около 80. Всегда самка незадолго до родов сама начинает бить мужа, требуя, чтобы он оставил ее одну.
Лактация длится месяц, один раз у меня самка снова покрылась через два месяца после родов (сынишка изнасиловал, к огромному ее удивлению и ужасу, но выводок получился на редкость здоровенький) , нормально же ей рожать не чаще двух раз в год.
Я бы в Вашем случае иногда сажал самца на клетку с выводком сверху - пусть полюбуется на своё семейство, это никому не вредно.