Подскажите, когда присылают сумму на расчетный счет, с него снимают НДС. Снимают с каждой поступившей суммы, или как?

никто не снимает, сами обязаны перечислить.

снимают "без акцепта" (без согласия) , если покажите задолженность по налогам в декларации

Когда поступают деньги на р-счет, -это оплата и хотя в поручении указан НДС, вы его не снимаете. НДС начисляется при отгрузке.

сумма НДС выделяется в составе платежки в виде записи)) )
щебень 118 руб. , в т. ч. НДС 18 руб.
а уже вы должны знать куда его в учете оприходовать))

Или как.

Выручка это выручка, а налоговый учет это налоговый учет.

Приходит время и Ваш бухгалтер сдает отчетность и уплачивает НДС. Разумеется делает он это не каждый раз когда на счет компании капают денежные средства, а в сроки и периоды установленные налоговым законодательством.

Банк снимает НДС только за свои услуги (не с комиссии, а за заполнение каких-нибуть документов например) , а так НДС просто выделяется в наименовании платежа А уплачивать его в налоговую вы обязаны сами