Если Стефан молился Иисусу, то значит можно молиться Иисусу или нужно молиться только Богу, через Иисуса?

запятая утеряна.. . если нет, то не авторитет Стефан, хоть и круто стоял

А кому молился сам ИИсус?

Молитесь только БОГу.

Слова Стефана вряд-ли можно рассматривать как обычную молитву, с восхвалениями и просьбами о помощи. Это скорее обращение к Иисусу.

Он молился именно Христу, как Богу

Поклоняться, а значит и молиться, нужно только Богу (Луки 4:8; 6:12). В обычной ситуации Стефан обратился бы к Создателю во имя Иисуса Христа (Иоанна 15:16). Но в этот раз Стефан в видении увидел Сына человеческого, стоящего по правую руку от Бога (Деяния 7:56). Зная, что Иисусу дана власть воскрешать умерших, Стефан прямо обратился к нему, но это не значит, что он ему молился (Иоан. 5:27—29).
В Библии Давид пел: «О Слушатель молитв, к тебе придет всякая плоть» (Пс. 65:2).Это было обращением к Богу.