Чем грозит работодателю, если один очень честный сотрудник подает 3-НДФЛ с суммой, отличающейся от 2-НДФЛ?

судя по вашим вопросам компания у вас та еще)))

Подобная ответственность законодательством не предусмотрена. Но: за фальсификацию документов по УК РФ может быть привлечено то лицо, которое указало неверную сумму.
У работодателя могут быть, например, такие проблемы: работник может попытаться взыскать заработную плату, указанную в справке 2-НДФЛ (если именно там сумма завышена) .

Из Вашего краткого вопроса не очень ясна суть ситуации, но именно подробности важны для более точного ответа.

С него же НДФЛ и доудержат.

Работодателю ничем не грозит, если ваша справка 2-НДФЛ совпадает с тем, что вы подавали или будете подавать в налоговую.