должно ли разрешение обоев соответствовать разрешению рабочего стола?

Желательно не меньше. Но это не принципиально. Если меньше, система все равно растянет на весь экран, но качество картинки будет отвратным.

самое главное, чтобы обои не мешали найти на столе нужные ярлыки, папки и файлы...

у рабочего стола НЕТ разрешения
а у обоев (поскольку это растровый файл) разрешение есть, но оно в этой ситуации может быть любым -- от 1 пикс/дюйм до 8934 пикс/мм