Имеет ли право налоговая оштрафовать за одно и то же нарушение юр. лицо и его руководителя?

Да, поскольку в соответствии с ч. 4 ст. 108 НК РФ «привлечение организации к ответственности за совершение налогового правонарушения не освобождает ее должностных лиц при наличии соответствующих оснований от административной, уголовной или иной ответственности, предусмотренной законами Российской Федерации» .
А также в ч. 3 ст. 2.1 КоАП сказано, что «назначение административного наказания юридическому лицу не освобождает от административной ответственности за данное правонарушение виновное физическое лицо, равно как и привлечение к административной или уголовной ответственности физического лица не освобождает от административной ответственности за данное правонарушение юридическое лицо».